Linux/Mac 系統 R 包安裝失敗怎么辦？

R 語言好用的地方之一在于有很多包幫我們把復雜問題都實現了，使用時只需要一個函數就可以完成大量計算工作。但也存在一個問題，包的依賴很多，依賴很多其它包，依賴很多底層工具。因此在 Linux/Mac 等系統安裝時常常會出現少了一些頭文件(*.h) 或庫文件而報錯(*.so), 如下面的報錯;

> install.packages("ragg")將程序包安裝入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’(因為‘lib’沒有被指定)還安裝相依關系‘textshaping’試開URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 35722 bytes (34 KB)==================================================downloaded 34 KB試開URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/ragg_1.2.2.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 424677 bytes (414 KB)==================================================downloaded 414 KB* installing *source* package ‘textshaping’ ...** 成功將‘textshaping’程序包解包并MD5和檢查** using staged installationPackage harfbuzz was not found in the pkg-config search path.Perhaps you should add the directory containing `harfbuzz.pc'to the PKG_CONFIG_PATH environment variableNo package 'harfbuzz' foundPackage fribidi was not found in the pkg-config search path.Perhaps you should add the directory containing `fribidi.pc'to the PKG_CONFIG_PATH environment variableNo package 'fribidi' foundUsing PKG_CFLAGS=Using PKG_LIBS=-lfreetype -lharfbuzz -lfribidi -lpng--------------------------- [ANTICONF] --------------------------------Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris) * brew: harfbuzz fribidi (OSX)If harfbuzz freetype2 fribidi is already installed, check that 'pkg-config' is in yourPATH and PKG_CONFIG_PATH contains a harfbuzz freetype2 fribidi.pc file. If pkg-configis unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------:1:10: fatal error: hb-ft.h: 沒有那個文件或目錄compilation terminated.--------------------------------------------------------------------ERROR: configuration failed for package ‘textshaping’* removing ‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/textshaping’Warning in install.packages :安裝程序包‘textshaping’時退出狀態的值不是0ERROR: dependency ‘textshaping’ is not available for package ‘ragg’* removing ‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/ragg’Warning in install.packages :安裝程序包‘ragg’時退出狀態的值不是0下載的程序包在 ‘/tmp/Rtmp3ipD9t/downloaded_packages’里

在ERROR MESSAGE部分，R 給我們的提示還是很清楚的：fatal error: hb-ft.h: 沒有那個文件或目錄缺少這個頭文件 (.h 代表 header file)。

在ANTICONF 部分，R 貼心的給出了不同系統下哪些軟件包包含這個頭文件

#Try install 看這里，簡單的文字，應該都能看明白Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:# deb（后面也備注了 Ubuntu 等），怎么安裝呢？apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc)# rpm (centos，febroa)，怎么安裝呢？yum install harfbuzz-devel fribidi-devel * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris)# mac 怎么安裝呢 brew install harfbuzz fribidi * brew: harfbuzz fribidi (OSX)

根據上面的提示，你就知道不同的系統怎么進行安裝了。

確定自己的操作系統的版本

運行lsb_release -a獲得輸出如下，知道操作系統是centos

# 運行的命令$ lsb_release -a# 輸出，Distributor ID:CentOSRelease:8.4.2105Codename:n/a

根用戶下安裝

確定了操作系統，拷貝粘貼對應的安裝命令。注意：

1. 需要有根用戶 (root) 權限
2. 這個命令是在 terminal 下運行的

yum install harfbuzz-devel fribidi-devel

常見錯誤 1： 在 R 中安裝 （注意看開頭的>, 這是 R 中運行代碼的標識）

> install.packages("deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev")

解析：缺失的軟件不是 R 包，而是 Linux 系統中的包，當做 R 包去安裝時不對的。

常見錯誤 2： 還是在 R 中安裝（注意看開頭的>, 這是 R 中運行代碼的標識）

> yum install harfbuzz-devel fribidi-devel 錯誤：unexpected symbol在"yum install" 里

解析: yum 是 centos、fedora 下的包管理器，應該在終端 (terminal) 下運行。

常見錯誤 3：用錯了包安裝工具 （注意看開頭 （不算開頭，輸入的命令前面的標識）的$, 這是 Linux 終端中運行代碼的標識）

ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ yum install harfbuzz-devel fribidi-devel找不到命令"yum"，您的意思是：.....

解析：判斷錯了操作系統的版本，這個系統是 ubuntu，沒有 yum，應該用 apt-get

常見錯誤 4：沒有權限 （注意看開頭 （不算開頭，輸入的命令前面的標識）的$, 這是 Linux 終端中運行代碼的標識）

ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-devE: 無法打開鎖文件 /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (13: 權限不夠)E:無法獲取 dpkg 前端鎖....，請看您是否正以 root 用戶運行？

解析：應該用 sudo 或切換為 root 用戶運行。正確寫法如下 （注意看開頭 （不算開頭，輸入的命令前面的標識）的#, 這是 Linux 終端中root 用戶運行代碼的標識）：

# 前提是你得用戶有 root 權限# 會要求你輸入密碼# 密碼輸入進去屏幕不顯示，放心大膽的輸入就行ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ sudo apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev或者# 注意@ 前面的用戶名為 root# 注意$變成了#root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev

問題又出來了

一段時間后（取決于網速，可能幾分鐘），安裝好了，繼續回到 R 里面，再次安裝 R 包 （注意看開頭的>, 這是 R 中運行代碼的標識）

> install.packages("ragg")將程序包安裝入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’(因為‘lib’沒有被指定)還安裝相依關系‘textshaping’試開URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gz'........-----------------------------[ ANTICONF ]-------------------------------Configuration failed to find one of freetype2 libpng libtiff-4. Try installing: * deb: libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel (Fedora, CentOS, RHEL) * csw: libfreetype_dev libpng16_dev libtiff_dev libjpeg_dev (Solaris)If freetype2 libpng libtiff-4 is already installed, check that 'pkg-config' is in yourPATH and PKG_CONFIG_PATH contains a freetype2 libpng libtiff-4.pc file. If pkg-configis unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

不是前面的解決無效，大家要仔細看，這次除了新的錯誤，提示還缺少其它的文件，并依舊給出了如何進行安裝，ANTICONF部分。

根據提示，再來一次操作：

# 注意@ 前面的用戶名為 root# 注意$變成了#root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # apt-get install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev

一段時間后（取決于網速，可能幾分鐘），安裝好了，繼續回到 R 里面，再次安裝 R 包 （注意看開頭的>, 這是 R 中運行代碼的標識）

> install.packages("ragg")將程序包安裝入‘ /home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’...DONE(ragg)

這次比較幸運，直接安裝成功了，有時還需要再來一遍或著多變，缺什么裝什么。

如果只提示缺少 .h 或 .so 未給提供怎么安裝怎么辦？

也有的時候，軟件沒這么智能，就孤零零的告訴你：

:1:10: fatal error: hb-ft.h: 沒有那個文件或目錄compilation terminated.

怎么知道哪個軟件包里面有hb-ft.h 呢？

CentOS 下運行這個命令, 輸出harfbuzz-devel里面包含hb-ft.h:

root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum provides "*/hb-ft.h"harfbuzz-devel-1.7.5-3.el8.x86_64 : Development files for harfbuzz倉庫：@System匹配來源：文件名：/usr/include/harfbuzz/hb-ft.h# .so 也一樣root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum provides "*/hb-ft.so"

繼續安裝

root@PowerEdge-R740:~/transcriptome # yum install harfbuzz-devel

Ubuntu 下可以試試apt-file search hb-ft.h